之前没咋接触过基因组学方面的分析，因此开始学习SubPhaser这个软件之后，又转头去补充了一些基因组学、homology方面的知识。 SubPhaser是一款用于neoallopolyploid和homoploidhybrid多倍体基因组亚基因组分型的工具。 它通过寻找亚基因组特异性Kmer，对染色体进行分组和分析。 【多倍体亚基因组分型】SubPhaser，代码先锋网，一个为软件开发程序员提供代码片段和技术文章聚合的网站。 S ub p haser phases subgenomes among a set of assemblies based on natural molecular barcodes (i.e 为此，该团队基于全基因组 DNA 序列分布特征，推断代表各亚基因组的特异性重复序列，开发了异源多倍体亚基因组精准识别新算法及分析软件-SubPhaser。 利用二倍体祖先种明确的六倍体小麦、四倍体花生等多倍体植物基因组数据验证了该算法的可靠性。 同时，SubPhaser还可以使用LTR-RTs（实际上是调包）来估计异源多倍体形成时间。 By default, the software identifies and analyzes subgenome-specific long terminal repeats retrotransposons (LTR-RTs) to calculate their insertion time and hence estimate the time boundaries from ancestor differentiation to allohybridization.
SubPhaser原文链接： https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.18173 先寻找亚基因组特异性Kmer，再根据这些Kmer，将亚基因组分开。 安装完，可以看看这个软件有多大，2.5G恐怕是我目前用到的依赖最多的软件了。 上述运行的脚本， 内容如下：
OPEN
